针对粤港澳大湾区水安全保障与水资源利用、环境综合治理与生态修复等当前国家战略紧迫需求、以及河口海岸带科学前沿问题突破，南海海岸带变化与物质迁移创新团队拟解决的重大科学问题是“珠江河口‘滘-网-门-湾’体系及其环境综合治理、生态修复与水安全保障的典型应用”，具体来讲将聚焦三个方面的关键科学与技术问题：（1）独特的珠江河口“滘-网-门-湾”体系的结构与功能，（2）大湾区海洋环境容量、富营养化（藻华、缺氧）及生态系统健康，（3）大湾区环境综合治理、生态修复与水安全保障关键技术与典型应用。

构建粤港澳大湾区“滘-网-门-湾”体系可持续发展的前沿科学理论；研制大湾区河口海洋生态环境综合治理、生态修复与水安全保障能力建设的关键技术；建立珠江口海岸带环境综合治理与生态修复智能化决策支持系统，与珠海及广东地区政府和行业部门联合开展典型应用，为粤港澳“美丽湾区”建设和陆海统筹决策以及珠海和广东区域社会-生态可持续发展作出独特贡献。